国家自然科学基金（８１９０２１２４）；南京市医学科技发展基金－南京市卫生青年人才培养工程（ＱＲＸ１７０５９）
目的 分析碳青霉烯耐药大肠埃希菌（ＣＲＥＣ）的基因组流行病学特征，调查共携带 ｂｌａＮＤＭ和 ｂｌａＫＰＣ的大肠埃希菌在南京 鼓楼医院的流行情况，并分析该类细菌的播散特点。 方法 对 ２０１５ 年从南京 ６ 家医院收集的 １１ 株 ＣＲＥＣ 菌株，进行全基因 组测序组装后，分析耐药基因、毒力因子、多位点序列分型（ＭＬＳＴ）、血清型和 ＦｉｍＨ 型的分布并构建系统发育树。 对于从南京 鼓楼医院 ２０１３—２０１７ 年收集的 ＣＲＥＣ 菌，使用 ＰＣＲ 和 ＤＮＡ 测序法筛选共携带 ｂｌａＮＤＭ和 ｂｌａＫＰＣ的菌株，脉冲场凝胶电泳技术 （ＰＦＧＥ）进行遗传相关性分析；接合试验分析基因的可转移性。 结果 所有的 ＣＲＥＣ 都携带了至少 １ 种碳青霉烯酶编码基因， 其中，９ 株 ＣＲＥＣ 细菌携带 ｂｌａＮＤＭ?５，３ 株携带 ｂｌａＫＰＣ?２，２ 株携带 ｂｌａＮＤＭ?１，３ 株同时携带 ｂｌａＮＤＭ?５和 ｂｌａＫＰＣ?２。 ＭＬＳＴ 分析发现 ７ 种不 同的序列分型（ＳＴ），２ 株细菌为 ＳＴ４１０，其余的 ６ 种 ＳＴ 型依次为 ＳＴ３４８９、ＳＴ１５６、ＳＴ６８３、ＳＴ２９７、ＳＴ１６７ 和 ＳＴ３６１；其次，１１ 株细菌 中鉴定出 ６ 种不同的血清型和 ８ 种 Ｆｉｍ 型；１１ 株细菌的质粒图谱虽然呈多样性，但每株细菌都含有质粒复制子 ＩｎｃＸ３。 系统 发育分析表明，１１ 个 ＣＲＥＣ 分离株之间有很大的遗传多样性；ＰＦＧＥ 显示 ６ 株共携带 ｂｌａＮＤＭ和 ｂｌａＫＰＣ的分离株之间也存在较大 的遗传多样性。 接合试验表明 ｂｌａＮＤＭ可转移，但与 ｂｌａＫＰＣ基因不在同一质粒。 结论 ｂｌａＮＤＭ是 ＣＲＥＣ 中主要的碳青霉烯酶基 因，ｂｌａＮＤＭ?５是主要的 ｂｌａＮＤＭ基因，可能通过 ＩｎｃＸ３ 质粒水平传播。 ＭＬＳＴ、Ｆｉｍ 分型、血清分型和进化树发育表明 ＣＲＥＣ 呈遗传 多样性。
Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ Ｔｏ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ （ＣＲＥＣ） ｓｔｒａｉｎｓ ａｎｄ ｉｎｖｅｓｔｉ? ｇａｔｅ ｔｈｅ ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｏｆ Ｅ． ｃｏｌｉ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｃｏ?ｃａｒｒｙｉｎｇ ｂｌａＮＤＭ ａｎｄ ｂｌａＫＰＣ ｉｎ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｄｒｕｍ Ｔｏｗｅｒ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ａｎｄ ｆｕｒｔｈｅｒ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｓｐｒｅａｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ． Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １１ ＣＲＥＣ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｗｅｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｉｎ ２０１５ ｆｒｏｍ ６ ｈｏｓｐｉｔａｌｓ ｉｎ Ｎａｎｊｉｎｇ ａｎｄ ａｎａｌｙｚｅｄ ｕｓｉｎｇ ｗｈｏｌｅ ｇｅ? ｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ． Ｔｈｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ， ｖｉｒｕｌｅｎｃｅ ｅｌｅｍｅｎｔｓ， ｍｕｌｔｉ?ｌｏｃｕｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔｙｐｅ （ＭＬＳＴ）， ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ ａｎｄ ＦｉｍＨ ｔｙｐｅｓ ｗｅｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ， ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｗａｓ ａｌｓｏ ａｎａｌｙｚｅｄ． ＰＣＲ ａｎｄ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｔｏ ｓｃｒｅｅｎ ｔｈｅ Ｅ． ｃｏｌｉ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｃｏ?ｃａｒｒｙｉｎｇ ｂｌａＮＤＭ ａｎｄ ｂｌａＫＰＣ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＣＲＥＣ ｉｎ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｄｒｕｍ Ｔｏｗｅｒ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｄｕｒｉｎｇ ２０１３ ｔｏ ２０１７． Ｐｕｌｓｅｄ ｆｉｅｌｄ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ （ＰＦＧＥ） ｗａｓ ｐｒｅｆｏｒｍｅｄ ｔｏ ａｎａｌｙｚｅ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｅｄｎｅｓｓ， ａｎｄ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｔｏ ａｓｓａｙ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｂｌａＮＤＭ ａｎｄ ｂｌａ ＫＰＣ ｇｅｎｅｓ． Ｒｅｓｕｌｔｓ Ａｌｌ ｔｈｅ ＣＲＥＣ ｃａｒｒｉｅｄ ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ ｃａｒｂａｐｅｎｅｍａｓｅ． Ａｍｏｎｇ ｔｈｅｍ， ＮＤＭ?５ （ｎ ＝ ９） ｗａｓ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｆｒｅｑｕｅｎｔ ｃａｒｂａｐ? ｅｎｅｍａｓｅ， ｆｏｌｌｏｗｅｄ ｂｙ ｂｌａＫＰＣ?２（ｎ ＝ ３） ａｎｄ ｂｌａＮＤＭ?１（ｎ ＝ ２）． Ｔｈｒｅｅ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｂｌａＮＤＭ?５ ａｎｄ ｂｌａＫＰＣ?２． ＭＬＳＴ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｕｎｄ ７ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ＳＴｓ， ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ＳＴ４１０ （ｎ ＝ ２）， ＳＴ３４８９ （ｎ ＝ １）， ＳＴ１５６ （ｎ ＝ １）， ＳＴ６８３ （ｎ ＝ １）， ＳＴ２９７ （ｎ ＝ １）， ＳＴ１６７ （ｎ ＝ １） ａｎｄ ＳＴ３６１ （ｎ ＝ １）． Ｓｉｘ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ ａｎｄ ８ Ｆｉｍ ｔｙｐｅｓ ｗｅｒｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ． Ａ ｇｒｅａｔ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｐｌａｓｍｉｄ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｗａｓ ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｗｉｔｈ ｐｌａｓｍｉｄ ｒｅｐｌｉｃｏｎ ＩｎｃＸ３ ｂｅｉｎｇ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｆｒｅｑｕｅｎｔ （ｎ ＝ １１）． Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｇｒｅａｔ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｍｏｎｇ ｔｈｅ １１ ＣＲＥＣ ｉｓｏｌａｔｅｓ ａｎｄ ｔｈｅ ６ ａｄｄｉｔｉｏｎａｌ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｃｏ?ｃａｒｒｙｉｎｇ ｂｌａＮＤＭ ａｎｄ ｂｌａＫＰＣ ｗｈｉｃｈ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｓｔｒａｉｎｓ ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｉｎ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｄｒｕｍ Ｔｏｗｅｒ Ｈｏｓｐｉｔａｌ． Ｃｏｎｊｕｇａ? ｔｉｏｎ ａｓｓａｙｓ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｄ ｔｈａｔ ｂｌａＮＤＭ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｃｏ?ｔｒａｎｓｆｅｒａｂｌｅ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｐｌａｓｍｉｄ ｏｆ ｂｌａＫＰＣ． Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ ｂｌａＮＤＭ ｓｈｏｕｌｄ ｂｅ ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｇｅｎｅ ｏｆ ｃａｒｂａｐｅｎｅｍａｓｅ ａｍｏｎｇ ＣＲＥＣ ａｎｄ ｂｌａＮＤＭ?５ ｓｈｏｕｌｄ ｂｅ ｔｈｅ ｍａｉｎ ｖａｒｉａｎｔ ｗｈｉｃｈ ｍｉｇｈｔ ｂｅ ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌｌｙ ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ ｂｙ ＩｎｃＸ３ ｐｌａｓ? ｍｉｄｓ． Ｔｈｅｓｅ ｉｓｏｌａｔｅｓ ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｂｙ ＭＬＳＴ， Ｆｉｍ ｔｙｐｉｎｇ ａｎｄ ｓｅｒｏｔｙｐｉｎｇ．
曹小利,张葵,周辉,郑洁,周万青,张之烽,沈瀚.碳青霉烯耐药大肠埃希菌的基因组学特点分析[J].临床检验杂志,2021,39(11):810-816